Второй надвратный храм, построенный в 1683 г. в середине западной стены. Композиционно очень близок церкви Воскресения, но имеет на фасадах изящную килевидную аркатуру, воспроизводящую аркатуру Успенского собора. Пропорции храма, и прежде всего барабанов глав, более вытянутые, что делает церковь Иоанна Богослова самым изящным сооружением Митрополичьего двора. Особенно художествен его восточный фасад, останавливающий внимание артистизмом сочетания гладкого низа с тонко декорированным верхом здания (то есть обратное тому, что сделано в Воскресенской церкви). Высокий, просторный интерьер храма так же пышно расписан (ок. 1683 г.), как и в церкви Воскресения. Фрески по стилю тоже близки Воскресенским. Фрагмент росписи «Авраамий Ростовский перед князем Владимиром» показывает характерное для живописи XVII в. новеллистическое толкование сюжета: в нижней части композиции изображен Авраамий, едущий на суд на понуром коне, в то время как сопровождающий его воин гарцует. Это говорит о живучести цельно-поэтического мировоззрения, уходящего корнями в эпоху «Слова о полку Игореве».

© Г.К. Вагнер, Старые русские города, «Искусство», М., 1980 г.