Извините за то, что комментирую с опозданием (как ни как сериал давно вышел), но...
Поделюсь с Вами кой какими мыслями и наблюдениями которые может быть прольют свет тайны этого сериала.
Начнём с хвоста... си речь с начала сериала.
4. Куча народу оказывается на борту (внутри) "Кадо", пространство внутри которого является чем-то вроде "буферной зоны" между 4х мерной средой и многомерным пространством, в котором весь сериал сидит Яха (когда он на глазах у глав героя "смонтировал себе тело внутри Кадо", он прямым текстом сказал, что это тело - просто проекция его из многомерной среды в маломерную среду, используемая им для работы "внутри 4х мерного пространства" и для общения с людьми. Но...
Пространство внутри "Кадо" отличается от обычной 4х мерной среды и всё, что попало в "куб" с территории аэродрома - "перекодировалось" до состояния, в котором оно может существовать внутри этого "предбанника". На то, что бы (обратно) адаптировать эту "приспособленную к пребыванию в Кадо" разнообразную материю у Яхи ушло какое-то время.
Т.е. "на момент начала сериала" все, кто был на борту этого самолёта - перестали быть людьми в тот момент, когда попали в "куб".
3. Есть серьёзные подозрения на тот счёт, что Сарака просто "заплатила" Яхе, откупившись от него "своим мужем", потому что тело, над которым они с дочерью "вроде как "праздновали победу" - это одна из бесчисленных копий, которые Яха уже научился делать (пока он занимался вопросом конверсии живой материи из маломерной среды в своё родное многомерное пространство). Пересмотрев последнюю серию видим - на теле нет вообще никаких повреждений нигде, а за пару минут до того (к слову) Яха из тела Шиндо сердце просто взял и нафиг вырвал, физически... забрызгав того его же кровью очень основательно. Между явлением "рояля" (дочери Шиндо) и воплем Сараки (увидевшей как из Шиндо выдрали самое дорогое) проходит НЕКОТОРОЕ ВРЕМЯ, по истечению которого тело оказывается на "алтаре", а Яха довольный как слон стоит над ним, потому что нужный ему результат УЖЕ получен. Он нашёл способ конверсии 4х мерной материи во внешний (родной для Яхи) мир.
Далее. В конце сериала "Кадо" (переходная среда) закрывается, а он (как механизм) подчиняется (внезапно) ТОЛЬКО Яхе и больше никому. Дочь Сараки хоть и сильна - но... сильнее лишь тела (формы), которую Яха себе для общения с людьми создал. Все действия Сараки ограничены 4х мерной средой + "информационный канал" внутри Кадо.
Яха (за несколько серий до того) указал Сараке на то, что её возможности стали жутко ограничены в сравнении даже с возможностями его "аватара" тем, что она свою размерность целенаправленно понизила ради того, что бы "питаться информацией в натуральном виде".
Обратите внимание на то, что когда "проецированное тело" Яхи было расщеплено до частиц информации, они все скопом ушли через "Кадо".
2 и 1. Вопрос за монету в 5 йен...
Что вообще Яха делал с людьми? Правильно - изучал их и АКТИВНО экспериментировал преследуя несколько целей:
- во первых ему надо было "поднять" людей до того состояния, в котором они смогут "производить" информацию (которую "кушают Яха и его собратья в "модифицированном виде", а Сарака натуральном, сыром).
- Во вторых Он увидел, что у человеческой формы жизни есть потенциал такой, что ему захотелось сделать людей "равными" анизотропным существам хотя бы по приспособленности к многомерной внешней среде. Как максимум - он вообще решил перетащить всё, что есть "внутри семени" (всё, что внутри 4х мерного пространства) наружу увеличив размерность отдельно взятой планеты. Но для этого понадобилось "расширить "предбанник" (и "Кадо" начал расти). Потому что, прежде чем у него получилось "конвертировать во вне" Шиндо (прежде, чем он понял чего не хватало), 4х мерная материя должна была быть подвергнута адаптации к пространству "пограничной среды" (т.е. Кадо).
Вообще, этот сериал смело можно ставить отдельно от очень-очень-очень большой массы аниме-сериалов, хотя бы по степени проработанности сюжета и качества научной составляющей. Он совсем не так прост как может показаться даже не смотря на пару-тройку "внезапных роялей" в последней его части :)

Санса (на мой взгляд) была инструментом вносящим самое изменение в "архитектуре" человеческого 4х мерного существа. Организм, который вообще не нуждается во сне и способен НЕПРЕРЫВНО заниматься интеллектуальным и творческим трудом - это не хомо-сапиенс точно (хоть и выглядит как человек, но... на фундаментально глубоком уровне это уже что-то совсем другое) =)
После применения Сансы люди стали способны "производить информацию непрерывно", а "наномис хайн" был инструментом, с помощью которого люди эту самую "информацию" подвергали нужной (анизотропным существам) обработке. Лично меня до сих пор удивляет, что спор Яха vs Сарака свёлся к спору "что лучше - обработать пищу перед едой, или съесть еду сырой" О_О Интересно, что люди ВОТ ЭТОГО-ТО момента не поняли, подумав, что Сарака на их стороне просто по тому, что она не хочет ничего менять... но они не задались вопросом "почему она ничего не хочет менять"? :)