Был организован турнир, в котором приняли участие многие бойцы, одним из которых был Шреддер. Черепашки решают принять участие, чтобы остановить своего заклятого врага, а также доказать свою силу на турнире.

Управление в этой игре осуществляется по схеме с четырьмя кнопками (два удара руками и два пинка, слабый и сильный). Особой особенностью является возможность использовать суперспециальную атаку. Чтобы достичь этого, игрок должен заполнить зеленую полосу под шкалой жизни, ударив своих противников. После заполнения игрок должен нажать две кнопки сильной атаки одновременно. Также есть возможность увеличить скорость игры, что делает бои более интенсивными, но и за ними сложнее следить.

В дополнение к основному режиму и режиму versus, существует сюжетный режим, в котором Черепашки должны спасти Эйприл О'Нил и Сплинтера из лап Караи. Черепашки должны путешествовать по США на своем дирижабле Turtle, побеждая других бойцов и собирая информацию. Играть можно только вчетвером, в то время как остальные персонажи являются противниками, включая клонированные версии Черепашек. В сюжетном режиме нет счетчика мутагенов. Также есть режим наблюдения, в котором участвуют персонажи, управляемые компьютером.