В первые годы студия Atlus разрабатывала игры для сторонних издателей, но уже с 1989 года начала издавать свои игры самостоятельно. В феврале 1989 года вышла на зарубежный рынок: в США была открыта фирма Asuka Technologies, которая издавала некоторые игры студии, а с 1991 года игры в США издавались под брендом Atlus Software. Помимо того, что компания издавала игры собственного производства, очень скоро она начала издавать игры и от сторонних студий. В последующие годы Atlus издаст множество игр самых разных жанров от студий Genki, A.I, Horisoft, Opera House, Red Company, SIMS, Natsume, Sunsoft, Cave и др.
К концу десятилетия компания искала возможности для расширения бизнеса. В 1997 году она вышла на биржу Tokyo Stock Exchange, а в 1999 купила разработчика Apies. Однако планам по развитию помешал начавшийся в 1999 году финансовый кризис, который вынудил реформировать компанию в 2001 году. Студия Apies была продана, но вместо нее в этом же году Atlus выкупила у студии Masaya Games её дочернюю студию Career Soft, которая получила большое признание за счёт разработки популярной ролевой серии Langrisser. Впоследствии под крылом Atlus эта студия создала ролевую серию Growlanser, а также серию Devil Survivor, ответвление к серии Shin Megami Tensei.
В октябре 2003 года контрольный пакет акций Atlus покупает фирма Takara, крупный производитель игрушек. В последующие годы Atlus издаст ряд игр, которые будут развивать франшизы Takara. В ноябре 2006 года компания Takara продает купленные в 2003 году акции Atlus компании Index Holdings. В результате этой сделки Atlus становится дочерней компанией Index Holdings. С этого времени Atlus больше концентрируется на своих ролевых сериях вместо того, чтобы издавать множество игр других жанров, как это было в 90-е годы. В этот период активно развиваются серии игр Shin Megami Tensei и Persona, а также стартует и активно развивается новая ролевая серия Etrian Odyssey. 30 августа 2010 года Index Holdings и Atlus сливаются в единую компанию Index Corporation. В последующие годы игры продолжают выпускаться под брендом Atlus. Но уже в июне 2013 года Index Corporation объявляет о банкротстве, а в сентябре за ¥14 млрд. банкрота выкупает компания Sega Sammy Holdings. В начале 2014 года игровое подразделение Index Corporation выводится в самостоятельную единицу, которая получает название Atlus. Таким образом вновь формируется студия Atlus, но уже под крылом компании Sega.
У Atlus есть несколько внутренних команд, одна из них P-Studio, которая поддерживает популярную jrpg-серию Persona, первое упоминание о P-Studio датируется 2012 годом. Другая команда носит название Studio Zero, первой работой которой числится Catherine: Full Body, ремейк проекта Catherine.