До 2000 года имела название Sega Enterprises (セガ・エンタープライゼス).

Компания имеет достаточно сложную и запутанную схему внутренних девелоперских команд. В отличие от внутренних студий других крупных игровых компаний, когда у студии есть свое название, лидер, локация и назначение, которые не меняются годы и даже десятилетия, в Sega внутренние девелоперские команды работают в условиях непрекращающейся реструктуризации: объединяются, сливаются, разделяются, переименовываются, закрываются и вновь открываются. Ниже представлена попытка очертить схему того, как создавались и менялись внутренние студии компании.

В период 1980-1990 гг. происходило становление первых девелоперских команд внутри компании, которые нумеровались цифрами и назывались Sega Research and Development Department, каждый такой отдел выполнял свою функцию. Список известных отделов за этот период времени:

1984 - Studio 128
1984 - Sega R&D1
1984 - Sega R&D2
1988 - Sega R&D8
1988 - CSK Research Institute

В начале 90-х годов появилась необходимость упорядочить структуру отделов. Было решено четко разделить отделы, работающие на аркадном направлении от отделов, которые разрабатывают игры для набравших к этому моменту вес домашних консолей. Так появились многочисленные отделы AM (от Amusement Machine), которые разрабатывали игры и железо для аркадных автоматов, и отдел CS (от Consumer). Отделов AM было много и они получили нумерацию, отдел CS до 1996 года был только один, но в 1996 году его разбили на три самостоятельных отдела, каждый из которых возглавил знаменитый разработчик. В 1999 году произошла еще одна реструктуризация, которая носила временный характер, тогда все отделы были пересобраны заново под названиями Sega Software R&D Department 1-9. Список известных отделов за этот период времени:

1990 - Sega AM1 (бывш. Sega R&D1)
1990 - Sega AM2 (бывш. Sega R&D8)
1990 - Sega AM3
1991 - Sega CS (бывш. Sega R&D2)
1991 - Sega Technical Institute
1991 - Sega AM4
1991 - Sega AM5
1992 - Sega Interactive
1993 - Sega Away Team
1995 - Sega PC
1995 - Team Aquila (начало распада Sega CS)
1996 - Team Andromeda (начало распада Sega CS)
1996 - Team Vega (начало распада Sega CS)
1996 - Sega AM6 (ответвление от Sega AM4)
1996 - Sega CS1 (как результат разделения Sega CS)
1996 - Sega CS2 (как результат разделения Sega CS)
1996 - Sega CS3 (как результат разделения Sega CS)
1997 - NexTech (в составе Sega до 2005)
1998 - Sega AM11
1999 - Mirai R&D (ответвление от Sega AM5)
1999 - Sega Software R&D Dept. 1 (бывш. Sega AM1)
1999 - Sega Software R&D Dept. 3 (бывш. Sega AM3)
1999 - Sega Software R&D Dept. 4 (бывш. Sega AM11)
1999 - Sega Software R&D Dept. 6 (бывш. Sega CS1)
1999 - Sega Software R&D Dept. 7 (бывш. Sega CS2)
1999 - Sega Software R&D Dept. 8 (бывш. Sega CS3)
1999 - Sega Software R&D Dept. 9

В начале 21 века все отделы Sega Software R&D Department, проработавшие на тот момент меньше года, пересобрали в самостоятельные студии, которые получили свои уникальные названия и логотипы, что было нехарактерно для Sega. В 2003 году несколько из них объединили, что было результатом экономической катастрофы внутри корпорации, а в 2004 году от практики самостоятельных внутренних студий и вовсе было решено отказаться: все они были закрыты, а вместо них вновь организовали внутренние отделы, куда перераспределили всех сотрудников. Цепь реструктуризаций закончилась в 2008 году, по итогу которого вновь были собраны отделы Sega CS 1-2-3, как это было в середине 90-х - «золотом веке» компании. Список известных отделов и студий за этот период времени:

2000 - Amusement Vision (бывш. Sega Software R&D Dept. 4)
2000 - United Game Artists (бывш. Sega Software R&D Dept. 9)
2000 - Wow Entertainment (бывш. Sega Software R&D Dept. 1)
2000 - Hitmaker (бывш. Sega Software R&D Dept. 3)
2000 - Sega Rosso
2000 - Smilebit (бывш. Sega Software R&D Dept. 6)
2000 - Overworks (бывш. Sega Software R&D Dept. 7)
2000 - Sonic Team (бывш. Sega Software R&D Dept. 8)
2002 - Sega of China
2003 - Sega Wow (результат объединения Wow Entertainment и Overworks)
2004 - Sega Studio USA
2004 - Family Entertainment (бывш. Mirai R&D)
2005 - Sega AM1
2005 - Creative Assembly
2005 - New Entertainment R&D (из команд Smilebit и Amusement Vision)
2005 - Sega Sports (бывш. Smilebit)
2005 - Sega Racing Studio (закрыта в 2008 году)
2005 - Sega GE1
2005 - Sega GE2
2005 - Sega GE3
2006 - Sega San Francisco (бывш. Secret Level)
2006 - Sports Interactive
2008 - Sega CS1 (бывш. New Entertainment R&D)
2008 - Sega CS2 (бывш. Sega GE1)
2008 - Sega CS3 (бывш. Sega GE2-3, расформирован в 2018 году в пользу CS1 и CS2)
2010 - Sega Online R&D (бывш. Sega PC)
2011 - Three Rings
2011 - Ryu ga Gotoku Studios (в результате отделения от Sega CS1)
2013 - Relic Entertainment
2016 - Amplitude Studios
2019 - Two Point Studios

В 2013 году Sega выкупает обанкротившуюся компанию Index Corporation, вместе с которой получает в управление знаменитую студию Atlus и всю её интеллектуальную собственность, включая права на серии Persona, Etrian Odyssey, Catherine.

Чтобы подытожить все написанное выше, отметим какими студиями и командами разработки компания оперировала на 2021 год:

1990 - Sega AM2 (аркадное подразделение)
2005 - Sega AM1 (аркадное подразделение)
2005 - Creative Assembly
2006 - Sports Interactive
2008 - Sega CS1
2008 - Sega CS2
2010 - Sega Online R&D
2011 - Ryu ga Gotoku Studios
2012 - Sega Networks (мобильное подразделение)
2012 - Hardlight (мобильное подразделение)
2012 - Ignited Artists (мобильное подразделение)
2013 - Atlus
2013 - Relic Entertainment
2016 - Amplitude Studios
2019 - Two Point Studios