Как и всякое художественное произведение, фильм «Фонтан» многозначен. Зрителю в нём открываются три формы умозрительного созерцания: мужское мироощущение, женское и реальность (смерть).

Неизлечимо больная Изи пишет трагедию об увядающем величии Испании времен Конкисты, в которой иносказательно изображает свою жизнь. Этим сочинением она прощается с миром и прощает своего возлюбленного. И попутно в ней созревает смирение с подкрадывающейся смертью. Средневековье выходит из-под пера Изи преисполненным величия и трагической безысходности. Ненасытная Инквизиция поглощает земли Испании, словно раковая опухоль, и Королева предвидит своё неминуемое отлучение от трона по приговору Великого Инквизитора и смерть. В отчаянном положении она повелевает преданному конкистадору отправиться на поиски Древа Жизни и вызволить истерзанную Испанию из когтей религиозных фанатиков.

Обращение Изи к прошлому не случайно и скрывает в себе глубокий смысл. Инквизиция символизирует смерть, которая лишила девушку всякой надежды на будущее и оставила только приятные воспоминания о былом. Подобно обречённой Королеве, Изи встречает судьбу с открытым забралом и принимает уготовленную ей участь. Она стоически переносит страх и боль, не столько ради себя, сколько ради любимого человека. И попутно вверяет свои душевные муки бумаге, вплетая между строк мольбы к мужу оставить бесплодные поиски лекарства от смерти и уделить время ей, «пока смерть не разлучит нас». Ибо мгновения истекают безвозвратно. Робкая, непередаваемо застенчивая настойчивость Изи наталкивается на несносные отказы Тома, тем самым напоминая любовные муки Татьяны Лариной и небрежение Онегина:

Так проповедовал Евгений.
Сквозь слёз не видя ничего,
Едва дыша, без возражений,
Татьяна слушала его.

А Тома снедает своя бездонная печаль. Бессилие всемогущей Науки повергает в отчаяние своего верного эпигона. Словно одержимый алхимик, Том бьётся над созданием своего философского камня — лекарства от смерти. Искатель призраков целебных, труды напрасно губит Том! Дни Изи сочтены. Он отказывается принимать неминуемое и впадает в исступлённое отчаяние. Перестаёт замечать всё вокруг. Жизнь, жену, мир. Только один заклятый враг приковывает его горящий взор — смерть.

Некоторое время спустя недуг Изи обострился. И её беспамятство приводит его в чувство. Вседневные занятья бросив, Том примостился возле ложа жены. И в руки взял листать страницы её рукописи. За этим занятием он и смежил веки. Во сне ему видятся Королева и Конкистадор, Древо Жизни и свирепый страж с пламенеющим мечом, преграждающий путь к Древу. Во сне Том вдыхает жизнь в тайные образы, которые оставила для него жена. И снова, ради полнокровной образности, обращусь к Пушкину:

Но, получив посланье Тани,
Онегин живо тронут был:
Язык девических мечтаний
В нем думы роем возмутил;

Думы, томленья и переживанья трогают и нашего Тома, позволяя ему проникнуть разумом во внутренний мир Изи. Именно таким она видит его своим любящим сердцем: отчаявшимся страстотерпцем и храбрым рыцарем (вот почему их отряд в джунглях так малочислен — в реальности Тому подвластна небольшая команда учёных), пускающимся в заранее обречённую на неудачу экспедицию ради спасения свой возлюбленной Королевы. Конкистадор самоотверженно одержим целью своего похода, настолько, что всё остальное забыто и неважно. Этим в своей сочинении Изи, конечно же, подчёркивает его невнимание к ней в реальной жизни.

Итак, Том всё ещё погружён в сон возле больничного ложа жены. История с астронавтом-буддистом является уже плодом его собственного воображения, ведь предсмертным желанием Изи наказала мужу поставить точку в неоконченной истории Конкистадора. И Том переносит себя на 500 лет в будущее. Совершенно один он летит к умирающей звезде сквозь бескрайнюю бездну одиночества Вселенной. Необозримые пространства усеяны ледяной пылью звёзд — таким он представляет своё будущее без Изи: страшным, невзрачным, запертым в одинокость (шар), аскетичным (самоотречение). Ибо в настоящем его сердце сковал страх. Всем своим существом Том ощущает, насколько обессмыслится его жизнь без Изи, как потускнеет свет, увянет вкус и цвет. Дотоле необъятный мир съёжится до размеров крохотного шарика, летящего сквозь беспредельную и неживую пустоту. И рядом только призрак, возле сердца пригретый.

Бывало, милые предметы
Мне снились, и душа моя
Их образ тайный сохранила;
Их после Муза оживила...

В сущности, сочинённое им продолжение рукописи, пусть и внешне сильно отличное от истории конкистадора, довольно схоже с ним по сути. Том одержимо несётся куда-то вдаль сквозь пространство и время, к неведомой заветной цели. Однако на этот раз у него было время спокойно осмыслить и осознать свою жизнь. Свои ошибки и заблуждения. В медитациях. Годы размышлений в полёте символизируют годовые кольца, подобные древесным, которыми он обильно украсил себя. И просветление в конце концов нисходит. Целостное и полное осознание природы реальности освобождает Тома от страха смерти и из круга вечного повторения одних и тех же ошибок. Таково исцеляющее воздействие всякого трагического пафоса (страдания, боли). Именно поэтому монах, после взрыва Шибальбы, возникает перед жрецом в истории о конкистадоре. Именно поэтому все три акта фильма — прошлое, настоящее и будущее — тесно переплетены в повествовании и взаимно проникают друг в друга, а не представлены последовательно и чётко разграничены. Ведь всё это происходит в душе одного человека — Тома. В его мечтательном сновиденье возле постели Изи.