Является частью ансамбля иезуитского монастыря. Построен по инициативе иезуитского ордена по типу римских ранних безбашенных барочных костелов (церковь Иль Джезу). Костел имеет в плане форму латинского креста, три нефа, купол над средокрестием и, в отличие от своего римского прототипа, две высокие башни на главном фасаде, что является характерной местной традицией. Это первое здание в стиле раннего барокко в Вильнюсе (руководил строительством И. Праховичюс). Интерьер закончен в 1618 г. Костел горел в XVII и XVIII вв. В 1749-1755 гг. была проведена его реконструкция под руководством местного архитектора Т. Жебраускаса: были сделаны шлемы двух его высоких башен, купол получил ступенчатую форму, интерьер украшен декором и алтарями в стиле позднего барокко. Декоративные работы вел скульптор И. Кизнер из Пруссии, фрески писал живописец Й. Обст из Чехии. В 1864-1878 гг. по проекту архитектора Н.М. Чагина костел был переделан в собор старообрядцев. Были понижены башни, фасад получил декоративные элементы в стиле неорококо; в интерьере была уничтожена часть скульптурных украшений и росписей.
В 1925 г. была проведена частичная реставрация; в 1965 г. здание было вновь отреставрировано (архитекторы А. Швабаускене, В. Габрюнас).

© В. Чантурия, Й. Минкявичюс, Ю. Васильев, К. Алттоа, Белоруссия-Литва-Латвия-Эстония, «Искусство», М., 1986 г.