Прошло 15 лет после загадочной глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания... Землю атакуют "Ангелы", загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда. Единственное оружие на планете, способное им противостоять - роботы серии "Евангелион", созданные при помощи передовых биотехнологий. Правда, сражаться с помощью этих огромных машин способны только те пилоты, которые могут полностью "синхронизировать" себя с роботом и управлять "Евангелионом" как собственным телом. Эти уникальные бойцы обучаются и живут в секретном подземном городе Токио-3, штаб-квартире организации "NERV", возглавляющей защиту Земли от вторжения. Синдзи, Аска и Рей - пилоты, между которыми складываются крайне непростые отношения. Но именно от них зависит судьба планеты и разгадка тайны зловещих "Ангелов"...

Дизайнер персонажей сериала Ёсиюки Садамото начал издавать одноимённую мангу ещё до выхода сериала. События в манге в общем соответствуют фабуле сериала, хотя и имеется ряд различий.

Эта манга представляет собой фантазию на тему «Евангелиона».